1、土壤施肥
只有在土壤严重缺乏微量元素时，才向土壤施用微肥，如施用不匀，局部土壤微肥浓度过高，易造成肥害。用作基肥或者种肥。在播种前结合整地施入土中，或者与氮、磷、钾等化肥混合在一起均匀施入，施用量要根据作物和微肥种类而定，一般不宜过大，且土壤施用微肥有后效。
2、种籽处理
播种前用微量元素的水溶肥浸泡种籽或拌种，可大大节省用肥量。拌种是用少量温水将微肥溶解，配成高浓度的溶液，喷施在种籽上，边喷边搅拌，阴干后播种；浸种是用含有微肥的水溶液浸泡种籽，微肥的浓度为0.01%-0.1%，时间为12-24小时，浸泡后及时播种，以免霉烂变质。

3、叶面喷施

将微量元素水溶肥配成一定浓度的水溶液，对作物茎叶进行喷施，同时也可以在作物的不同发育阶段，根据具体的需要进行多次补喷，以提高肥效。